深部真菌病是指侵害柯基犬皮膚、粘膜和內臟的真菌所引起的感染。病原菌的種類有很多種。這些病原菌廣泛存在于土壤、動物糞便、乳汁中，犬主要通過接觸污染的土壤或經呼吸道、消化道而感染，只有少數真菌具有接觸傳染性。深部真菌病可發生于體內各臟器，其病變特征是：肉芽腫性炎癥、壞死、膿腫、潰瘍、痿管、結締組織增生和形成結節。飼料中廣泛添加抗菌藥物，可能是犬發生深部真菌病的重要原因。犬易發生的幾種主要深部真菌病是：

1．組織胞漿菌病其病原為莢膜組織胞漿菌。生長在土壤中，主要經呼吸道感染，病犬主要呈現持久、不易治愈的頑固性咳嗽和腹瀉，無痰液排出。病犬厭食、消瘦、不―規則發熱、嘔吐、皮炎，腹壁觸診常可發現腫大的腸系膜淋巴結。慢性病例有時可見頰粘膜發生潰瘍，扁桃體腫大。臨床上發現犬呈現難以治愈的咳嗽或腹瀉時，即應考慮本病。如有條件應以莢膜組織胞漿菌素做皮內試驗，還可做胸部X線透視、血清補體結合試驗、瓊脂擴散試驗等進行診斷。兩性霉素B對本病有很好的療效，總用量為4毫克／千克體重，分為10次，每隔兩日注射1次，臨用前先以注射用水溶解，再用葡萄糖鹽水稀釋成0．1％(毫克)后靜脈注射。總量不能超過5毫克／千克體重，否則可損害腎臟。克霉唑(抗真菌 1號)對本病也有良好的療效，劑量為0．75～1．5克，分兩次內服。

2．球孢子菌病其病原為球孢子菌。主要經呼吸道感染。病犬的肺臟及支氣管或縱隔淋巴結發生肉芽腫，病犬呈現體溫升高，咳嗽，呼吸困難，食欲不振，消瘦和腹瀉。侵害關節時，即呈現跛行和肌肉萎縮。本病在犬群中傳播迅速。當犬中出現可疑癥狀時，應進一步進行胸部X線照相，有條件時可做球孢子菌素皮內試驗及血清補體結合試驗。

治療方法同組織胞漿菌病。

3．芽生菌病其病原為皮炎芽生菌。本病可分為全身型和皮膚型兩種。全身型主要表現為肺臟的疾病，病犬精神沉郁、發熱、厭食、消瘦及咳嗽。剖檢病死犬時，肺臟各葉都有結節和膿腫，肺臟呈現灰白色或淡紅色斑紋狀，并有局灶性或彌漫性硬變。肉芽腫結節的中心發生壞死，但不鈣化。病變向周圍蔓延時，可使支氣管和縱隔淋巴結腫大、化膿，甚至引起胸膜炎。皮膚型芽生菌病表現為單發性或多發性皮膚肉芽腫，最后則在中心液化壞死和發生潰瘍。胸部X線照片所見到的肺部未鈣化結節或硬變，有助于該病的診斷。最好對皮膚結節做活組織檢查。從膿汁、痰液中鏡檢時，發現有單個的或出芽的球形細胞且細胞壁厚而有折光性(雙層輪廓)時，即可確診。 本病一旦擴散，難以治愈。早期可用兩性霉素B治療。對皮膚結節可施行手術摘除。

4.隱球菌病其病原為新型隱球菌。它存在于泥土中，可從土壤、鳥糞、水果和乳汁中分離到。犬的隱球剪病主要侵害腦、腦膜、鼻旁竇以及肺、脾、肌肉、關節、皮膚等部位，引起病犬的運動失調，轉圈運動，行為異常，跛行，感覺過敏和鼻漏。剖檢時，于鼻旁竇、鼻甲骨，鼻腔以及腦有小的化膿灶，腦膜有粘液膿性炎癥。耳、眼險和腳等部位可見皮下肉芽腫。在臨床上發現病犬有不明原因的呼吸道和中樞神經系統的癥狀時，應考慮到隱球菌病的可能性。如能進一步做病原檢查、血清學試驗及病理組織學檢查，均有助于本病的確診。治療方法同組織胞漿菌病。

5．孢子絲菌病病原為申克氏孢子絲菌，經創傷感染。病變主要侵犯皮膚，常發生于肢端，并沿淋巴管蔓延，形成典型的帶狀腫。原發部位為堅實、無彈性、可移動、無壓痛的結節或肉芽腫，結節部被毛脫落后，可看到附有滲出物，干涸后形成結痂，有的結節可形成膿腫，破潰后形成潰瘍。

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